В своей последней битве Людям Икс в 3 части фильма предстоит столкнуться лицом к лицу с новой опасностью – невероятно мощным мутантом Фениксом (Архангелом). Ещё, будучи ребёнком, Уоррен Уортингтон обнаружил в себе то, что окружающим показалось бы необычным, а именно – крылья, которые мальчик пытался срезать со своей спины, для того, чтобы больше походить на нормального человека.
Уже в наше время, Людям Икс практически удалось найти лекарство, способное вылечить индивида от мутации. Циклоп, он же Скотт Саммерс, пребывает в отчаянии из-за потери своей возлюбленной Джин Грей, и часто ходит навещать озеро, вблизи которого девушка погибла. Однажды, перед ним возникает образ тёмного Феникса, и Скотт понимает, что видит перед собой недавно погибшую Джин, которая подходит к нему и целует, тем самым отравляя юношу смертельным ядом. На место событий, немедленно прибывает Ксавьер с остальными, и обнаруживают уже мёртвого Скотта, а рядом с ним, находящуюся в бессознательном состоянии Джин.
Тем временем, Магнето строит новый план по вступлению в войну с людьми, и собирает новую армию мутантов. Благодаря своей хитрости ему удаётся переманить на свою сторону Джин, сбежавшую из-под присмотра Ксавьера. Профессор погибает, пытаясь спасти её, и у оставшихся Людей Икс остаётся всё меньше шансов на победу в борьбе против Магнето и его союзников.