Предыстория образования международного военного подразделения под названием G.I. Joe. Американские офицеры Дюк и Рипкорд из фильма «Бросок кобры» в составе небольшого отряда занимаются перевозкой секретных военных разработок по территории республики Кыргызстан. Неожиданно на них совершается нападение – агенты глубоко засекреченной частной организации «Кобра», использующие последние достижения науки и техники, забирают перевозимое оружие и уничтожают конвой. Неожиданно на поле действия появляются бойцы секретного подразделения G.I. Joe, обратившие террористов в бегство. Оставшиеся в живых благодаря этому пара наших героев удостаивается чести попасть в ряды подразделения.
Тем временем глава организации «Кобра» МакКаллен, торгующий различным оружием, замышляет сделать глобальную катастрофу просто из любви к искусству, да и отомстить за своего далекого униженного предка тоже нужно. Посему солдатам G.I. Joe придется успевать бегать по всему миру за вездесущими террористами его организации, используя при этом высокие технологии и попутно разрушая большое количество государственной и частной собственности.