Сюжет мультфильма «Бэтмен: Под красным колпаком» повествует о том, как в одной из спецопераций Бэтмен теряет своего напарника Джейсона Тодда, которого захватил Джокер, избил ломом до беспамятства и бросил в закрытом заброшенном складе. Там же была бомба, которая взорвалась, как раз когда Бэтмен подъехал на подмогу своему другу. Разобрав завалы склада, он нашел тело Джейсона, но тот уже был мертв.
Прошло 5 лет. В Готем-Сити началась кровавая бойня по переделу территорий. Появившийся в городе злодей Красный Колпак собрал всех бандитов и наркодиллеров города и предложил им защиту от Бэтмена и Черной Маски взамен 40% от их прибыли. Бандиты сомневались, но увидев головы своих помощников, испугались и согласились.
Тем временем Бэтмен устроил ловушку для фургона с преступниками, попав в аварию он перевернулся и из контейнера вышел андроид Амейзо, которого Бэтмен со своим напарником взорвал. Потом он захватил и, допросив преступников, успел узнать только то, что за всем этим стоит Красная Маска. Но тут появляется снайпер и убивает захваченных преступников. Преследуя его, темный рыцарь попал на фабрику, на которой встретил когда-то первого Красного Колпака, оказавшегося Джокером. Внезапной новый Колпак появился на одном из помостов и, выстрелив, устроил жуткий взрыв и пожар. Бэтмену удалось спастись, но он упустил преступника.
Бэтмен с Найтвингом пытаются разобраться, кто бы это мог быть. А в то же время Черная Маска приходит в ярость, узнав, что андроид Амейзо уничтожен. Он приказывает найти и обезвредить Красного Колпака. Один из его помощников сообщает о большой поставке оружия, об усилении охраны и изменении места сброса. С помощью жучков этой информацией обладают и Бэтмен с Красным Колпаком.
Красному Колпаку удается захватить вертолет с грузом, но он не успевает улететь, так как Бэтмен с Найтвингом выводят из строя вертолет. Тогда Красный Колпак направил падающую машину на самую людную улицу. Бэтмену удается поймать вертолет на тросы, и он вместе с Найтвинг, устремляется вдогонку Красному Колпаку.