События кинокартины «Коммандос» описывают историю из жизни бывшего оперативника элитного отряда «Дельта», принимавшего участие в самых серьезных и опасных секретных операциях на территории Ближнего Востока, Центральной и Южной Америки, СССР. Ныне он живет под вымышленным именем вдали от суеты города, заботясь о своей одиннадцатилетней дочери по имени Дженни. Размеренная жизнь небольшого семейства заканчивается с приездом генерала Франклина Кёрби (бывшего командира Мэтрикса). Генерал предупреждает об опасности, которая нависла над Мэтриксом: кто-то устраняет членов отряда одного за другим, и рано или поздно их жертвой может стать и он.
Озадаченный спецназовец против собственной воли оказывается вовлечен в опасную игру, участие в которой обеспечивает сохранность жизни Дженни. Похитители девочки требуют от Мэтрикса устранить президента латиноамериканской страны Вал Верде. А так как ради дочери герой готов на все, он отправляется на свое последнее задание.
Заказчиком убийства является ни кто иной, как свергнутый Мэтриксом жестокий диктатор Ариус, грезящий о возвращении власти. В помощниках его числится бывший сослуживец Джона, Беннет. Но они сильно заблуждаются, если полагают, что могут воспользоваться Мэтриксом ради удовлетворения собственных целей. По ходу дела у разгневанного коммандос возникает собственный план, согласно которому Дженни непременно должна остаться в живых, а похитители заплатить за свои злодеяния. Тем временем и сама Дженни понимает, что за свою жизнь нужно бороться, а потому начинает действовать. Несмотря на хорошую форму, в которой пребывает Мэтрикс, это задание не из легких. Плюс ко всему действовать ему приходиться практически в одиночку. Но желание отомстить за убитых друзей и спасти родную дочь – сильный мотиватор.