Действие кинокартины «Секретные материалы: Хочу верить» разворачивается спустя шесть лет, описанных в финале сериала событий. Бывшим напарникам Дане Скалли и Фоксу Малдеру придется объединить свои усилия, чтобы в очередной раз распутать дело, связанное с паранормальными явлениями.
Мосли Драмми, агент ФБР, обращается к Скалли, работающей в католическом госпитале, за помощью. Дело в том, что происходят странные похищения людей (в их числе и агент ФБР), а спецагенты никак не могут напасть на след похитителей. Драмми просит Скалли приобщить к делу Фокса Малдера, ранее возглавлявшего отдел секретных материалов. В качестве награды ФБР обязуется снять все обвинения с Малдера и прекратить на него охоту.
Скалли направляется к своему давнему другу и убеждает его принять предложение ФБР. Тот полагает, что это очередная ловушка, подстроенная для него, однако выслушав бывшую напарницу, приходит к выводу, что агентству действительно выгоднее всего закрыть глаза на существование Малдера, чем вести борьбу против него. Отправившись в Вашингтон, Скалли и Малдер связываются с агентом Уитни. Агента Утни интересует мнение Малдера об обладающем паранормальными способностями бывшем священнике Джозефе Фицпатрике Криссмане. Криссман проживает в своеобразной колонии-поселении, отбыв срок за педофилию. Именно Криссман – связующее звено между таинственными похищениями и агентами, разыскивающими пропавших жертв. В отличие от Скалли, которая не может закрыть глаза на прошлое Криссмана, Малдер готов поверить, что бывший священник «видит» преступления. И с его помощью вернувшийся в родную стихию Малдер окунается в мир неясных и туманных секретных материалов. А тем временем похищения продолжаются…