Невзирая на поражение Темных Сил во время Смертельной Битвы и гибели Шан Тсунга, новый Император Шао Кан по сюжету фильма «Смертельная битва 2: Истребление» грубо попирает священные правила Битвы, установленные Богами, и вторгается на территорию Земли. Уверенный в своих силах новоиспеченный Император всея Внеземелья обманным путем открывает портал на Землю. Через семь дней, прямо как в Библии, завершится сотворение нового мира, который появится после того, как обычный мир сольется с потусторонним. А дабы никто не смог помешать этому историческому процессу, Шао Кан отправляет толпу специально улучшенных бойцов самого разного вида — киборгов ниндзя, воинов-рептилий типа Скорпиона, могучих кентавров и других страшного вида существ, порожденных Тьмой. Вся эта орда должна помешать трем бойцам, оставшимися в живых после Смертельной Битвы – Лю Кану, Джонни Кейджу и Соне Блейд, а также присоединившимся к ним принцессе Внеземелья Китане и Лорду Рейдену, сойтись в бою с Шао Каном и вернуть Землю в прежнее состояние.