Комедийная картина «Миссия Дарвина» рассказывает о приключениях элитной команды спецназа, выполняющей поручение правительства США. Команда, подготовленная ученым Беном, состоит из трех морских свинок, Дарвина, Хуарес и Бластера, разведчика Муха и гениального крота Спеклза. Каждый из них уникален в своем роде и необходим для выполнения миссии: зверьки должны узнать планы главы фирмы «Сейберлинк», Леонарда Сейбера. В ходе операции Дарвин, командир отряда, скачивает информацию о возможном применении разработок «Сейберлинка» в военных целях – операции «Кластерная буря». Спеклз и Муха следят за Сейбером. Когда приходит время выбираться, начинается сыр-бор, в результате чего на место происшествия прибывает фирма по отлову грызунов и усыпляет героев. Их спасает Бен, но задание оказывается проваленным, а потому группу расформировывают и решают использовать животных как материал для проведения опытов. Спасаясь от подобной участи, зверьки сбегают из злосчастного места и оказываются в зоомагазине. Дарвин придумывает план, согласно которому они должны быть куплены людьми, после чего, сбежав от хозяев, команда воссоединится. Тем временем Бен отправляет таракана на поиски флеш-карты с данными о «Кластерной буре» и обнаруживает там страшный вирус. Хуареса и Бластера покупают люди, Спеклз притворяется мертвым, чтобы позже спасти Дарвина, но сам оказывается в непростой ситуации, Дарвин считает его погибшим. Когда Дарвин и его новый друг Харли воссоединяются с командой, Бен рассказывает им правду об их происхождении. Но это не меняет ситуацию, операция «Кластерная буря» может быть приведена в действие. Нужно спешить…