Мультфильм «Войны клонов» представляет собой историю, которой недоставало между эпизодами «Звездных Войн» номер 2 и номер 3. В межгалактическом пространстве постоянно происходит борьба Добра и Зла. На линии огня снова работают полюбившиеся герои: рыцарь-джедай Энакин Скайуокер, сенатор Падме Амидала, робот R2D2, Оби-Ван Кеноби и др. Энакин вместе с Асока Тано получают новое задание. В очередном противостоянии с армией Дроидов им предстоит выполнить спасательную операцию. Больной младенец Джаббы Хатта был похищен, злобный граф Дуку поместил новорожденного ребенка на отдаленную планету. Рыцари должны вернуть ребенка семье, но это не так легко: им противостоят доверенные лица графа Дуку. Да и сам Дуку напрямую подключается к событиям, убеждая Джаббу в том, что джедаи убили его ребенка. В межгалактическом пространстве плетутся коварные интриги, приводится в исполнение преступный план Зла. О намерениях Дуку, который стремится натравить хаттов и джедаев друг на друга, из рыцарей знает лишь Оби Ван, он должен помешать Дуку и его приспешникам. Тем временем обозленный Джабба Хатта намерен отомстить за своего малыша. Сенатору Падме становится известно, что к заговору Дуку и Вентресса причастен Зиро Хатт, дядя Джаббы. Она берет ситуацию под свой контроль. Между тем, о заговоре узнает и сам Джабба. В поединке между Энакином и Дуку рыцарь одерживает победу. Теперь он вместе с друзьями должны вступить в решающий бой…