Фильм «Американский ниндзя» рассказывает историю обычного американского солдата Джо Армстронга. Однажды ему предстояло сделать выбор — пойти в тюрьму или отправиться в армию. Джо выбирает армию. Ему всего 18 лет, но даже в таком юном возрасте он владеет серьезными навыками боевых искусств карате, а конкретно учением ниндзю-цу. Оказавшись в так называемом автовзводе, — отряде, который базируется где-то на Филиппинах, Джо демонстрирует свои уникальные бойцовские способности — он в одиночку отбивает нападения отряда ниндзя, спасает дочь своего командира. Таким образом, Джо быстро подружился с сержантом своей части. С этого приключения Армстронга только начинаются. Далее ему предстоит противостоять не только ниндзя, но и своему коррумпированному начальству. Владение смертоносными приемами карате не дают покоя его сослуживцам и командованию. Дело в том, что конвой, в котором Джо вместе с другими военнослужащими сопровождает груз с оружием, подвергается нападению ниндзя. Армстронга начинают подозревать в том, что он как-то связан с преступниками, которые похищают оружие. Благодаря своим способностям, Джо узнает, что в похищении оружия замешано его непосредственное начальство, которое пытается подставить солдата. Джо проводит собственное расследование и изобличает преступников. Параллельно американский ниндзя пытается узнать некие подробности своей прошлой жизни. Он узнает, что все, что с ним случилось вовсе не случайно. Его детство и родственники напрямую связаны с ниндзя, которые стояли на стороне добра — теперь Джо должен еще и отомстить за смерть своих родителей….