Сюжет комедийного фильма «Операция Ы и другие приключения Шурика» состоит из трех самостоятельных новелл «Наваждение», «Напарник», «Операция Ы», объединяет их главный герой, непосредственный Шурик.
В новелле «Напарник» Шурик безобидным обманом вынуждает хулигана уступить место в автобусе, а тот начинает драку, подоспевшая милиция забирает его в КПЗ, где ему назначают наряд на 15 суток на стройку. Там снова встречаются главные герои и начинают выяснять отношения обстрелом строительными материалами и погоней. Шурику удается замотать хулигана Федю в рулон обоев и наказать розгами. На следующий день, узнав, что его вновь посылают на стройку в распоряжение Шурика, Федя теряет сознание.
Новелла «Наваждение» рассказывает как во время сессии по дороге в институт, в трамвае Шурик видит конспект в руках у девушки, читая его, начинает идти вместе с ней, не отрывая взгляд от тетради. Лида, так же совершенно не замечает, как вместо подруги за ней следует незнакомый парень. Так, вдвоем, они приходят к ней на квартиру, едят, отдыхают и уходят на экзамен. В институте теряют друг друга, а после сдачи экзамена их знакомит общий друг. Шурик провожает девушку домой. Вновь оказавшись в квартире Лиды, Шурик испытывает дежавю. Лиза предполагает, что у парня есть экстрасенсорные способности и предлагает их проверить. Главному герою нужно выполнить загаданное ею желание. Но вместо того, чтобы найти мишку, он целует ее.
Третья новелла «Операция Ы» о трех грабителях Трусе, Бывалом и Балбесе, которых нанял директор базы Петухов, опасаясь ревизии и рассчитывая с помощью инсценировки грабежа скрыть свои преступления. Но план сразу проваливается, когда прибыв к складу, хулиганы обнаруживают вместо сторожа — бабульки Шурика, подменившего соседку. Трус падает в обморок, между Шуриком и Балбесом разворачивается драка с использованием подручных средств, типа балалаек и рапир. На свисток Шурика прибегает Бывалый под видом дружинника, студент понимает, что Бывалый тоже грабитель и нейтрализует его. Когда бабуля возвращается сменить Шурика, она доставляет всех бандитов в отделение милиции.